COVID-19 Nukleotidsequenz anschauen: Unterschied zwischen den Versionen
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* Aus SnapGene Enzym Sequenz exportieren und mit Phyre2 das Protein berechnen. | * Aus SnapGene Enzym Sequenz exportieren und mit Phyre2 das Protein berechnen. | ||
* Mit Jmol das berechnet Protein in 3D anschauen. | * Mit Jmol das berechnet Protein in 3D anschauen. | ||
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Ok, so jetzt befriedigen wir unsere Neugier. | Ok, so jetzt befriedigen wir unsere Neugier. | ||
Als erstes benötigen wir paar Software | Als erstes benötigen wir paar Software | ||
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Erstmal benötigten wir Software (alles Freie Software) | Erstmal benötigten wir Software (alles Freie Software) | ||
Version vom 7. März 2020, 10:29 Uhr
Vorwort Erstmal, Ich bin kein Biologe, nur ein neugieriger Bastler ;D Folgende Anleitung basiert aus einen Facebook Video, hochgeladen von einen BioClub Tokyo BioHacker (JiKong Chan). https://www.facebook.com/groups/BioClubPublic/permalink/2909493445774566/
Oberes Workshop erklärt uns folgendes:
- Wie man ein Sequenz mit der Software SnapGene laden und anschauen kann.
- Aus SnapGene Enzym Sequenz exportieren und mit Phyre2 das Protein berechnen.
- Mit Jmol das berechnet Protein in 3D anschauen.
Ok, so jetzt befriedigen wir unsere Neugier.
Als erstes benötigen wir paar Software
Erstmal benötigten wir Software (alles Freie Software)
SnapGene https://www.snapgene.com/snapgene-viewer/ Mit dieser Software kann man sich Gen Sequenzen anschauen, genauer DNA Sequenz. Basierend der Sequenzen wird auch die Enzyme angezeigt.
Freie Cloud Server Dienst um aus Enzym Sequenz ein Protein zu berechnen. Je nach Komplexität kann es mehrer Stunden dauern http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
Software um Moleküle zu visualisieren.
https://sourceforge.net/projects/jmol/
Als letztes brauche wir das complete Genom unser Virus Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512?fbclid=IwAR0QIfHRx9ktGU6VojsdWvWtRitUCYQSCtD7xsWtqGusS55xVDzw0uigWLs Von hier benötigen wir die "accession" ID. Mit diesen ID kann man sich die Sequenz aus einer Repository später in SnapGene runterladen. Für unser Virus ist es die accession ID -> NC_045512
Step-by-Step Anleitung wie man in SnapGene ein Genom lädt Wie oben beschrieben besorgen wir uns erstmal die accession ID (NC_045512). Mit der accession ID könne wir es importieren Files -> Import ->NCBI Sequenz .
Wenn wir erfolgreich importiert haben müsste es ungefähr so aussehen.
Wir ändern die Ansicht damit es übersichtlicher ist.
Super vereinfachtes Teardown des Virus.
Was wir mit SnapGene betrachten ist die RNA. Da der RNA quasi eine Bauanleitung des Virus ist, kann man auch die einzelne Bauanleitungen der Komponenten in der RNA finden. In den oberen Bild habe Ich die Kürzel der Komponenten im Klammer gesetzt. Beispiel "S" für den Spike. In SnapGene ist es auch mit S gekenzeichnet. Der Spike ist die Komponente was den Virus befähigt seine RNA ins Wirtszellen einzuschleusen.
